Una vez coronado, Carlos I convocó Cortes para que votaran nuevos impuestos. La reacción fue inmediata en Castilla, las protestas le recordaban al rey su obligación de residir en el reino y de respetar las leyes del reino. Similares protestas surgirán en Aragón ante la demanda de nuevos impuestos.
Las Comunidades de Castilla Descontento creciente devino en la sublevación de las Comunidades de Castilla, o de los Comuneros. La mayor parte de las ciudades de la zona central del reino (Segovia, Toledo, Salamanca…) se revelaron contra la autoridad del monarca.Las causas de la rebelión son complejas:
Aristocracia castellana veía como una humillación que el rey hubiera entregado la administración del reino a consejeros flamencos y hubiera dejado a Adriano de Utrecht como gobernador del reino en su ausencia.
Carlos había empleado el dinero de los nuevos impuestos en conseguir la elección como Emperador alemán
Carlos había desdeñado el requerimiento de que aprendiera castellano y respetara las leyes del reino
La burguesía urbana temía que se volviera a la tradicional política de exportar la lana en bruto a Flandes lo que iría en detrimento de la artesanía textil castellana
Al salir Carlos de Castilla, la revuelta estalló en Toledo y pronto se extendió a otras ciudades. Las autoridades reales fueron depuestas y sustituidas por nuevos regidores comuneros.Tras el incendio de Medina del Campo por las tropas del rey, la insurrección se generalizó Los Comuneros crearon la Santa Junta en Tordesillas, gobierno rebelde, que exigió la retirada de los impuestos (servicios) aprobados en Cortes, el respeto a las leyes del reino y la marcha de los consejeros flamencos.Los Comuneros intentaron sin éxito convencer a doña Juana, recluida en un castillo de Tordesillas, a que se pusiera al frente de la rebelión y apoyara a las Comunidades.La rebelión propició el desorden social y hubo rebeliones antiseñoriales en algunas zonas. La nobleza empezó a alejarse de los comuneros.Las disensiones internas y la radicalización antiseñorial del movimiento debilitó a los Comunidades. Tras la derrota de las tropas comuneras en Villalar en 1521, todas las ciudades abandonaron el movimiento, excepto Toledo que fue finalmente dominado en 1522. Los dirigentes comuneros Padilla, Bravo y Maldonado fueron ejecutados. La derrota comunera significa el inicio del absolutismo en Castilla y el reforzamiento del poder del rey.
